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獸醫專業學院教育目標為「培育具備健全品格、社會關懷及動物醫學領域的專業人才，以促進相關產業永續發展及提升國際競爭力」，並進一步以完成獸醫教育改革與全球獸醫教育同步化接軌、強化全球性人畜共通傳染病防治與監控、保障畜產品安全與衛生、建立快速及多元化疾病診斷技術、關懷動物福利與保護動物、培養實驗動物科學專業人才，及推動專科獸醫師與繼續教育為發展目標。 

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